Mehrere Bürgerinitiativen setzen sich für Bahntunnel an verschiedenen Stellen des Knotens München ein, eine ist gegen einen Tunnel für die zweite Stammstrecke.
Aktionskreis contra Bahnlärm München Nord e.V. http://Aktionskreis contra Bahnlärm München Nord e.V.
Bürgerinitiative für Bahntunnel von Zamdorf bis Johanneskirchen e.V. https://bi-tunnel.de/
Bürgerintiative „Bahn imTunnel Eching, Neufahrn, Oberschleißheim, Unterschleißheim e.V. http://www.bit-bahn-im-tunnel.de/
Vereinigte Bürgerinitiativen: https://www.srv.lrz.de/bahnlaerm/start.html
Verein der Bürgerinitiative Haidhausen S-Bahn-Ausbau: http://www.tunnelaktion.de/
Anwohner der Truderinger und Daglfinger Kurve und Spange: https://www.anwohner-tdks.de/